L'ensemble des œuvres relatant l'histoire d'Albator est assez vaste et traite d'un grand nombre de sujets. On peut cependant souligner certains thèmes récurrents.
La poursuite d'un idéal
Qu'il soit noble (la quête d'Albator pour la liberté, un monde de paix et d'amitié) ou non (la soif de pouvoir d'un monsieur Zon), les personnages à la recherche d'un idéal sont mis en valeur. Au contraire, ceux qui n'agissent que par intérêt immédiat ou par paresse (le premier ministre, la directrice de l'orphelinat de Stellie) n'ont droit à aucune complaisance.
La conquête des grands espaces
Dans la série Albator, il y a de nombreuses références concernant les conquêtes menées par l'humanité. Conquêtes techniques, comme la conquête de l'air avec, par exemple, le vaisseau d'Esmeraldas en forme de dirigeable, ou les références aux ancêtres d'Albator volant sur des biplans des années 1930-1940 ; conquête du Monde et des grands espaces avec cette ambiance Far-West sur de nombreuses planètes. Ce type d'anachronisme fait partie du charme d'Albator et contribue à en faire une ode à la soif de recherche et de découverte qui a fait progresser l'humanité.
La nostalgie
L'ambiance générale d'Albator est sombre avec la description pessimiste d'un futur lointain, mais également par la mélancolie des personnages. Tous les amis d'Albator ont connu des tragédies, la perte d'un proche, l'exil, la destruction de leur monde natal. Tous partagent un sentiment de nostalgie pour un Paradis Perdu. Le générique français, ainsi que les musiques d'ambiance lancinantes, ajoutées par Éric Charden sur la version française, contribuent à cette poésie à la fois futuriste, mystérieuse et plaintive.
La piraterie
La piraterie est au centre d'Albator, non par son comportement, les quelques pillages auxquels il se livrent relèvent plus des pratiques d'un Robin des bois que d'un véritable pirate, mais plutôt par l'aspect chevaleresque et libertaire des pirates mythiques. C'est cet aspect de la piraterie, vivre libre quoi qu'il en coûte, associé à un sens de l'honneur strict et à la responsabilité individuelle des membres de l'équipage de L'Atlantis, en font un véritable vaisseau pirate.
En marge de la piraterie proprement dite, il y a la fascination apparente de l'auteur pour ce qui a trait à la marine, et au combat naval. Des bateaux de toutes les époques apparaissent au cours de la série, ou bien inspirent des formes pour les vaisseaux spatiaux.
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