Albator (Harlock) : capitaine pirate de l'Atlantis (Arcadia). Épris de justice et de liberté, il dirige fermement son équipage pour défendre la Terre, avec un sens de l'honneur qui lui fait refuser tout compromis. Il a perdu un œil et fut balafré en voulant sauver sa fiancée des Humanoïdes...
Alfred (Yattaran) : second sur l'Atlantis, c'est un flemmard passionné de modèles réduits et apparemment autiste, mais dès qu'une bataille éclate, il est au premier rang. Meilleur mathématicien mondial, il a eu le cœur brisé par un chagrin d'amour dans sa jeunesse. C'est un officier chargé de l'armurerie qui connait l'Atlantis aussi bien que son capitaine. À ne pas confondre avec Tochîro, également nommé Alfred dans Albator 84...
Clio (Miime) : extra-terrestre aux longs cheveux bleus, dernière survivante de sa planète, sauvée par Albator. Se nourrissant d'alcool, elle vient de la planète Jura, ravagée par une guerre nucléaire et dont la population a été entièrement exterminée par des plantes rendues carnivores par les Sylvidres. Clio est aussi la confidente d'Albator, et lui est dévouée entièrement. Bien qu'elle n'ait pas de fonction officielle à bord de l'Atlantis, elle se rendra utile en aidant le docteur Zero pour soigner les blessés et elle donnera à plusieurs reprises de précieux conseils. D'une personnalité sensible et d'une acuité qui dépasse de loin celle des humains, cela fait d'elle un personnage de la plus haute importance dans l'équipage et elle n'hésitera pas à prendre les armes pour sauver Albator...
Ramis Valente (Tadashi Daiba) : fils d'un scientifique assassiné par les Sylvidres, Ramis Valente rejoint l'équipage de l'Atlantis suite à l'assassinat de son père et son accusation de "haute trahison" par le gouvernement planétaire. Souvent en désaccord avec Albator, il évolue cependant au cours de la série. Sa mère est morte lors d'une catastrophe sur Triton, ses appels au secours n'ayant pas été entendus par un gouvernement préoccupé par une partie de golf...
Nausicaä (Kei Yuki) : jeune femme blonde, officier supérieur chargée de la navigation, elle est également la fille d'un scientique assassiné. À la fin d'Albator 78, on devine qu'elle va devenir la femme de Ramis...
Docteur Zéro : médecin du bord, aussi bon praticien qu'amateur d'alcool. Ancien médecin dans un dispensaire d'une banlieue pauvre, il embarquera sur l'Atlantis avec son seul ami, son chat Miaou. Sa "meilleure ennemie" est Suzanne, la cuisinière du bord, une vieille fille colérique...
Marisse (Machi) : chef mécanicien de l'Atlantis, il a épousé une Sylvidre et essaye de retrouver sa fille, Madelaine, enlevée par ces dernières. Il a servi sous les ordres du capitaine de la marine terrienne Tornadéo, puis a ensuite rejoint Albator...
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